Значительно расширить тактические возможности у машины могло только его оснащение управляемыми ракетами. Поэтому, рассматривая перспективу боевого применения Бе-10, конструкторы сочли целесообразным превратить его в носитель ракетного ("реактивного", по терминологии тех лет) оружия.

Проект получил обозначение Бе-10Н, а весь авиационный комплекс, включая самолёт, имел обозначение К-12Б (по индексу ракеты). Согласно проекту Бе-10Н оснащался противокорабельными крылатыми ракетами (ПКР) К-12БС с ядерными или обычными боеголовками и радиолокатором системы управления огнём "Шпиль" К-12У. Причём "главный калибр" - ПКР К-12БС тоже разрабатывался в ОКБ.

Комплекс К-12Б предназначался для поражения как крупных боевых кораблей и транспортов, так и военно-морских баз. Расчётная нормальная взлётная масса носителя с ПКР достигала 48 500 кг, а радиус действия - 1400 - 1450 км при максимальной дальности пуска 90 - 110 км (с высоты 10 000 м).

Самолёт Бе-10Н отличался от исходного варианта носовой частью лодки до шпангоута №18 (там размещалась антенна станции "Шпиль") и грузовым отсеком (были ликвидированы верхний и нижние люки).