Для обеспечения водонепроницаемости лодки впервые сборка велась с применением герметика У-ЗОМС взамен ранее применявшейся тиоколовой ленты.

Началось внедрение крупнопанельных элементов из алюминиевого сплава, что существенно снизило массу и позволило добиться большей точности изготавливаемых деталей, применен литейный сплав Ал-8 для силовых узлов (впоследствии сыгравший роковую роль в судьбе машины) и литьё из стали марки 35ХГСА. Серийно Бе-10 строился на Таганрогском авиазаводе №86 с 1958 по 1961 г. Всего выпустили 27 серийных машин.

Пик строительства пришёлся на 1959 г., когда было построено, испытано и сдано заказчику 12 самолётов (в 1958 г. - три машины, в 1960 г. - девять, в 1961 г. - три). Испытания и приёмка Бе-10 не обошлись без лётных происшествий. 29 июня 1960 г. на заводском гидроаэродроме потерпел аварию Бе-10 №9600403, на котором экипаж военной приёмки во главе с лётчиком-испытателем подполковником Ю.А. Цырулевым выполнял обычный полёт по программе.

В тот день стоял полный штиль - и поверхность Таганрогского залива превратилась в настоящее зеркало. Определить на глаз расстояние до неё при посадочной скорости 210 км/ч оказалось очень сложно. В такой ситуации достаточно было катеру с выносным командно-диспетчерским пунктом (КДП) пройти по акватории гидроаэродрома, и кильватерный след стал бы хорошей подсказкой лётчику. Однако этого не сделали, и Цырулев, неправильно рассчитав, бросил самолёт вниз с большей, чем положено, высоты. В результате удара о воду машина была сильно повреждена.

Экипаж, к счастью, остался жив, однако серьёзно пострадал стрелок-радист старшина Н.А. Авдеенко, слишком рано освободившийся от привязных ремней. 25 мая 1961 г. при выполнении контрольного полёта в Таганроге разбился Бе-10 №0600701, который пилотировал экипаж лётчика-испытателя завода №86 Героя Советского Союза И.Д. Занина. Катастрофа произошла на взлёте при резком увеличении угла атаки на скорости, ниже взлётной. Машина оторвалась от воды, но подъёмной силы крыла не хватило, и самолёт рухнул вниз. При ударе о воду машина разломилась в районе редана на две части.

Носовая часть по инерции прошла уже по воде несколько десятков метров, а хвостовая встала почти вертикально. Вспыхнуло вытекшее из баков топливо. В этой катастрофе спасся только радист- испытатель А.Ф. Ляшков. Он сумел каким-то чудом выбраться из своей тесной хвостовой кабины и вскарабкаться по гладкой обшивке на торчавший из воды киль, сильно повредив при этом мышцы ног.