Разрабатывались и совершенствовались средства обеспечения базирования летающей лодки. Например, осенью 1962 г. в Донузлаве прошёл испытания специальный катер проекта 1382 для доставки и погрузки бомб, мин и торпед. Военные резонно считали, что Бе-10, вооружённый только авиационными торпедами и свободнопадающими бомбами, будет иметь ограниченное боевое применение.

Значительно расширить тактические возможности у машины могло только его оснащение управляемыми ракетами. Поэтому, рассматривая перспективу боевого применения Бе-10, конструкторы сочли целесообразным превратить его в носитель ракетного ("реактивного", по терминологии тех лет) оружия. Проект получил обозначение Бе-10Н, а весь авиационный комплекс, включая самолёт, имел обозначение К-12Б (по индексу ракеты). Согласно проекту Бе-10Н оснащался противокорабельными крылатыми ракетами (ПКР) К-12БС с ядерными или обычными боеголовками и радиолокатором системы управления огнём "Шпиль" К-12У.

Причём "главный калибр" - ПКР К-12БС тоже разрабатывался в ОКБ. Комплекс К-12Б предназначался для поражения как крупных боевых кораблей и транспортов, так и военно-морских баз. Расчётная нормальная взлётная масса носителя с ПКР достигала 48 500 кг, а радиус действия - 1400 - 1450 км при максимальной дальности пуска 90 - 110 км (с высоты 10 000 м).

Самолёт Бе-10Н отличался от исходного варианта носовой частью лодки до шпангоута №18 (там размещалась антенна станции "Шпиль") и грузовым отсеком (были ликвидированы верхний и нижние люки). На нём также устанавливалось новейшее пилотажно-навигационное оборудование, демонтировалось всё бомбардировочное вооружение, фотооборудование и передние пушечные установки.

Полностью заменялось электрооборудование, поскольку количество потребителей увеличивалось в два раза. Бе-10Н мог нести на специальных пилонах под плоскостями одну или две ракеты, которые можно было подвешивать как при стоянке гидросамолёта на перекатном шасси, так и на плаву. Эскизный проект авиационного комплекса К-12Б был одобрен в июне 1959 г. научно-техническим советом Госкомитета по авиационной технике.