Вместе с тем из-за аэродинамических потерь в удлинённых воздушных каналах снизились лётные характеристики летающей лодки: максимальная скорость упала с 910 до 886 км/ч, практический потолок сократился с 12 500 до 12 200 м, дальность уменьшилась с 2895 до 2610 км. Это было слишком дорогой ценой, поэтому на серийных машинах ограничились установкой только брызгоотражательных щитков.

Создатели Бе-10 очень большое внимание уделили технологичности своего изделия. При освоении выпуска нового гидросамолёта на таганрогском авиазаводе №86 в технологический процесс внедрили новое уникальное оборудование. Например, гидропрессы для изготовления листов обшивки методом обтяжки с растяжением, электровоздушные агрегаты термообработки, сварочные автоматы и полуавтоматы.

В цехе агрегатной сборки были построены стапели, соответствующие членению лодки на четыре отсека. Были освоены новые технологические процессы, такие, как групповая обработка деталей, гибка трубопроводов с гидронаполнением, химическое фрезерование, ультразвуковая пайка. Для обеспечения водонепроницаемости лодки впервые сборка велась с применением герметика У-ЗОМС взамен ранее применявшейся тиоколовой ленты.

Началось внедрение крупнопанельных элементов из алюминиевого сплава, что существенно снизило массу и позволило добиться большей точности изготавливаемых деталей, применен литейный сплав Ал-8 для силовых узлов (впоследствии сыгравший роковую роль в судьбе машины) и литьё из стали марки 35ХГСА. Серийно Бе-10 строился на Таганрогском авиазаводе №86 с 1958 по 1961 г. Всего выпустили 27 серийных машин.

Пик строительства пришёлся на 1959 г., когда было построено, испытано и сдано заказчику 12 самолётов (в 1958 г. - три машины, в 1960 г. - девять, в 1961 г. - три). Испытания и приёмка Бе-10 не обошлись без лётных происшествий. 29 июня 1960 г. на заводском гидроаэродроме потерпел аварию Бе-10 №9600403, на котором экипаж военной приёмки во главе с лётчиком-испытателем подполковником Ю.А. Цырулевым выполнял обычный полёт по программе. В тот день стоял полный штиль - и поверхность Таганрогского залива превратилась в настоящее зеркало.