Но со времени выдачи технического задания (ноябрь 1953 г.) условия и средства войны на море существенно изменились, всё большее значение стали играть управляемые ракеты. На испытаниях выявились два серьёзных дефекта: попадание воды в воздухозаборники силовой установки и помпаж двигателей при стрельбе из носовых пушек. Из-за этого взлёты, посадки и маневрирование на воде являлись возможными только при высоте волны 0,8 м и скорости ветра до 12 м/с, что не соответствовало требованиям заказчика.

В ОКБ начались интенсивные поиски решения возникших проблем. На специальном стенде отрабатывались способы защиты от попадания воды в воздухозаборники, и экспериментально определялась предельно допустимая разовая "порция" влаги с точки зрения устойчивости работы компрессора (оказалось, что достаточно всего 10 л воды, чтобы заглушить двигатель). На опытном экземпляре Бе-10 кустарным способом удлинили, одновременно изогнув немного вверх, воздушные каналы мотогондол. Натурные эксперименты доказали эффективность принятых мер, после чего уже в заводских условиях доработали серийный Бе-10 №8600302.

На этой машине воздушные каналы были удлинены на 2010 мм, воздухозаборники подняты на 350 мм, шпангоут №18 усилен. Воздухозаборник системы охлаждения и вентиляции передней гермокабины перенесли с правого борта лодки на палубу, куда вывели также стоявшую ранее на левом борту заливную горловину системы централизованной заправки топливом. Носовые пушки оснастили газоотводами.