Использование ЖРД позволило увеличить скороподъёмность машины почти в два раза (43 м/с) по сравнению с Ме.262А-1а. На высоту 11 700 м он поднимался за 4,5 мин, самолёт так и остался в опытном экземпляре. Другой модификацией истребителя стал перехватчик Ме.262С-2в с двумя комбинированными двигателями BMW 003R, включавшими помимо ТРД BMW 003А тягой по 800 кгс ЖРД BMW 109-718 тягой по 1500 кгс.

Первый полёт Ме.262С-2в состоялся 28 марта 1945 г. Немцы успели выполнить на этой машине лишь два полёта. При этом скороподъёмность машины у земли достигала 70 м/с, а высоту 12 км он набирал за 3,9 мин. 25 июня 1944 г. Х.Херлитциусу удалось разогнать Ме.262С-2 до скорости 1004 км/ч, ставшей наивысшим достижением самолёта этого типа.

Уже под занавес войны был проработан вариант Ме.262 с двигателями HeS 011, оставшийся нереализованным. Такую же участь постиг и проект Ме.262 с крылом большой стреловидности (50° по передней кромке) и двигателями, расположенными по бокам фюзеляжа, с подводом воздуха через заборники в центроплане.

Первой попыткой создания разведчика был проект Ме.262А-4а. На нём предполагалось отказаться от вооружения и установить две аэрофотокамеры Rb 50/30. Самолёт так и не построили, сославшись на сильную его уязвимость в воздушном бою, отдав приоритет пятой модификации Ме.262А-5а, укомплектованной двумя фотокамерами, располагавшимися в носовой части фюзеляжа. На опытном образце машины сохранили вооружение из двух 30-мм орудий. Но на самолётах, поступивших в войска, вооружение отсутствовало.

При этом на бомбодержателях, сохранившихся от "Штурмфогеля", как правило, подвешивались два топливных бака. Эти машины активно использовались для разведки англо-американских войск, высадившихся во Франции. Ме.262 на восточном фронте. Первыми на советско-германском фронте с реактивными истребителями встретились лётчики 176-го гвардейского иап 14 февраля 1945 г.